Хе-хе... нуууу.... теоретически... хитрожопые вещи вроде sysinternals могут читать диск в обход основной операционки, с тем чтобы сравнивать, не гонит ли троян лажу. А практически да, не самая простая задача.

А остальные диски, это вроде как уже попроще должно быть...